De Friese Stoomtrein Maatschappij respecteert het milieu en houdt daar zowel in de ontwikkeling van het concept als bij de exploitatie rekening mee. In de voorbereidende fase is samengewerkt met de stoommaatschappijen ZLSM (Simpelveld) en VSM (Beekbergen). De ervaring van beide maatschappijen is meegenomen in de ontwikkeling van het milieuvriendelijke concept van de FStM. Uit een in 2002 door het RIVM/IEM in opdracht van de VROM-inspectie Zuid uitgevoerd onderzoek blijkt dat “ een stoomtrein niet leidt tot een verhoging van de luchtconcentraties en dus ook niet tot gezondheidsrisico’s ”. Wel wordt geconstateerd dat “ de uitstoot soms gepaard gaat met een natte nevel waardoor de stof moeilijk van textiel en veel harde oppervlakten te verwijderen is ”.
Om ook aan de praktische bezwaren van rijden met stoom tegemoet te komen, heeft de FStM de volgende maatregelen genomen:
Voor het stoken van de locomotieven wordt geen gebruik gemaakt van steenkolen. Daarmee wordt voorkomen dat fijnstof ontstaat.
Als brandstof voor zowel de stoomlocomotieven als de diesellocomotief wordt gebruik gemaakt van koolzaadolie.
Het stoken van de stoomlocs op koolzaadolie wordt elektronisch gestuurd met als gevolg een optimaal rendement.
Voor de emplacementen in Sneek en Stavoren wordt gebruik gemaakt van gebruikte rails, wissels en stootblokken uit Leeuwarden en Harlingen. De houten bielzen worden niet herbruikt maar vervangen door milieuvriendelijke alternatieven. Voor zover mogelijk wordt gebruik gemaakt van warmteopslag en zonne-energie.
